FUNSALPRODESE fue constituida en la segunda mitad de 1986 por iniciativa de diez organizaciones del movimiento social con el propósito de coordinar acciones de capacitación y de defensa de los derechos de organización, de expresión y participación en el desarrollo del país. Las y los fundadores de Funsalprodese provienen de organizaciones sociales del movimiento de mujeres, sindical de sectores Estatales y privados, magisteriales, juveniles, cristianos y cristianos, comunales y agropecuarios (campesinos y campesinos).
Para concretar estos esfuerzos, en el contexto del terremoto del 10 de octubre de 1986, se creó un programa para atender la emergencia de las personas damnificadas, especialmente de la población en las zonas marginales. En 1989 se acompañaron los procesos de repatriación de salvadoreñas y salvadoreños refugiados de Honduras y Nicaragua, principalmente, así como también los movimientos de retorno de personas desplazadas por la guerra a sus lugares de origen, centrando sus actividades en programas que garantizarán mínimamente el derecho a vivir en las zonas afectadas directamente por la guerra.
A partir de los Acuerdos de Paz de enero de 1992, FUNSALPRODESE enfocó sus esfuerzos, primero en la reinserción social de mujeres y hombres combatientes, posteriormente en la reconstrucción y el desarrollo local de las comunidades rurales y urbano marginales como una estrategia para el fortalecimiento de la sociedad civil y como contribución a la construcción del desarrollo democrático, participativo, equitativo y justo para las grandes mayorías. FUNSALPRODESE obtuvo su personería jurídica con base en el Decreto Ejecutivo No. 102 del Ministerio del Interior, (actualmente Ministerio de Gobernación) dado en San Salvador el 30 de noviembre de 1992 y publicado en el Tomo No. 211 del Diario Oficial de fecha 15 de noviembre de 1993, fue inscrita en el Registro de Asociaciones y Fundaciones sin Fines de Lucro con el número 8, Folios 63 y 64, Libro No. 3 de Fundaciones Nacionales, el 4 denoviembre de 1998.
Así mismo, para cumplir con su visión y misión FUNSALPRODESE, creó El CENTRO DE FORMACIÓN PROFESIONAL – CFP, que fue inaugurado el 14 de julio de 1999 y está ACREDITADO al SISTEMA DE FORMACIÓN PROFESIONAL DE EL SALVADOR bajo el Número 0614–160289–103–2, sistema que es dirigido por el Instituto Salvadoreño de Formación Profesional INSAFORP. De igual manera, la Dirección del Centro y todo su personal técnico–docente cuentan con la acreditación proporcionada por el INSAFORP.